Sau khi Superman hi sinh, hình ảnh của anh chỉ còn trong tâm trí của mọi người. Thời gian này ở Gotham bắt đầu xảy ra những vụ bắt cóc bởi một con quỷ biết bay tên Parademon, để điều tra việc này Batman đã bắt một tên tội phạm để nhử kẻ bắt cóc xuất hiện. Batman đối mặt với một con Parademon và sau khi nó chết đã để lại một biểu tượng về một thứ được gọi là Mother Box trên tường khi anh găm nó lên đó. Bruce Wayne sau đó bàn với Alfred Pennyworth về sự xuất hiện của Parademon, họ thấy có liên quan đến truyền thuyết cổ xưa nên đã liên hệ Diana Prince để biết thêm thông tin, thời gian này cô thường chiến đấu với bọn tội phạm có tư tưởng chống lại người ngoài hành tinh.

Ở hòn đảo Themyscira, Nữ hoàng Hippolyta cho binh lính đến một địa điểm bí mật để kiểm tra hộp Mother Box cổ xưa xem có gì xảy ra không. Trong lúc quan sát hộp Mother Box thì nó chợt rung lên và mở ra cánh cổng thần kỳ, từ trong cánh cổng đó một Tân Thần ác độc nhảy xuống trước sự bất ngờ của tộc người Amazon. Ác quỷ đó là Steppenwolf, hắn cho biết hắn quay lại Trái Đất để hoàn tất việc thu hồi ba hộp Mother Box năm xưa theo lệnh của Darkseid. Hippolyta ra lệnh tấn công Steppenwolf, nhưng do hắn quá mạnh và bọn Parademon của hắn từ trong cánh cổng ùa ra rất nhiều nên đã quét sạch binh lính Amazon trong chớp mắt. Hippolyta lập tức ôm hộp Mother Box bỏ chạy để chờ quân tiếp viện, nhưng Steppenwolf đã đuổi kịp bà, đánh bại bà rồi cướp hộp Mother Box mang đi trước khi quân tiếp viện kéo đến. Hippolyta cho bắn mũi tên có đốt lửa vào một ngôi đền Amazon cách xa Themyscira nhằm báo hiệu cho con gái bà Diana biết rằng một cuộc xâm lược sắp xảy ra. Sau khi hình ảnh ngọn lửa cháy trong ngôi đền được phát trên truyền hình, Diana nhận ra rằng thế giới sắp phải đối mặt với một tình huống xấu.

Bruce tìm đến Barry Allen để mời anh ta gia nhập nhóm. Barry nhận lời vì anh cảm thấy khá cô đơn sau việc bố anh bị tống vào tù vì tội giết vợ. Khi Diana gặp Bruce, cô đã tìm hiểu thân thế của Victor Stone và muốn mời anh ta gia nhập nhóm, nhưng Victor lúc này đang chán nản sau khi nhận thấy cơ thể máy móc của anh tiến hóa liên tục sau một vụ tai nạn banh xác nên anh từ chối, kế hoạch của Diana thất bại. Bruce tiếp tục đi tìm Arthur Curry, được biết đến với biệt danh Aquaman, để hỏi về những biểu tượng Mother Box có xuất hiện trong làng của anh ta, đồng thời mời anh ta gia nhập nhóm nhưng anh ta cũng từ chối. Trước khi ra về, Bruce cảnh báo Arthur rằng sắp tới có thể sẽ có kẻ tấn công Atlantis để cướp hộp Mother Box thứ hai. Sau đó Bruce về nhà, anh nghe Diana kể về lịch sử của Mother Box và Steppenwolf:

Từ thời xa xưa, một tướng lĩnh của Darkseid thuộc thế giới Apokolips là Steppenwolf, Kẻ hủy diệt các thế giới, đã trở thành nỗi kinh hoàng của Trái Đất xinh đẹp. Bằng quyền năng và sức mạnh vượt trội, Steppenwolf đã biến các giống loài trở thành những tay sai Parademon khát máu trong kế hoạch chinh phạt của mình. Hắn đặt ba hộp Mother Box xuống Trái Đất để hợp nhất chúng rồi tạo ra một thế giới Apokolips thứ hai. Đã có rất nhiều người hi sinh trong cuộc chiến chống Steppenwolf nhưng mọi người vẫn cố gắng đấu tranh. Cho đến một ngày, liên minh tất cả tộc người như Amazon, Atlantis, Green Lantern và các vị thần tối cao của Olympian như Zeus cùng con người hợp sức lại đã đánh bại Steppenwolf và đuổi hắn ra khỏi Trái Đất. Ba hộp Mother Box được chia ra cho tộc người Amazon, Atlantis và con người giữ do chúng mang nhiều quyền năng có thể khai thác và không dễ bị phá hủy.

Do Steppenwolf đã lấy được một hộp Mother Box từ tộc người Amazon nên Bruce cảnh báo Arthur về việc Steppenwolf có thể sẽ đến Atlantis lấy hộp Mother Box thứ hai. Ban đầu Arthur bỏ ngoài tai lời của Bruce nhưng khi có một tàu đánh cá bị đánh chìm, anh nhận ra máu của bọn Parademon xuất hiện ở gần Atlantis nên anh lập tức đến nơi cất giấu hộp Mother Box được canh giữ bởi một người bạn là Công chúa thủy tề Mera mà anh quen gần đây. Tuy nhiên Arthur đã đến quá muộn, Steppenwolf đã đến trước anh và sử dụng sức mạnh vượt trội đánh bại những người lính của Atlantis và cướp hộp Mother Box. Không biết cần phải làm gì tiếp theo, Arthur nhờ Mera cho lời khuyên.

Trong thời gian này, chiếc hộp Mother Box thứ ba được bố của Victor nghiên cứu tại S.T.A.R. Labs, ông muốn hồi phục sự sống cho Victor, nhưng bọn Parademon đã tìm ra ông và bắt cóc ông mang về giao cho Steppenwolf. Lúc này Diana, Victor và Barry gia nhập liên minh của Batman để ngăn chặn tội ác của Steppenwolf. Do những vụ bắt cóc đều liên quan đến Parademon nên Ủy viên cảnh sát James Gordon phải gọi Batman đến để hỏi cho rõ. Sau khi biết được Steppenwolf là chủ mưu, Gordon lo lắng và cho Batman biết vị trí đội quân của Steppenwolf có thể ẩn náu là dưới đường cống ngầm của Gotham do chúng phải có cách di chuyển mà không bị người khác nhìn thấy.

Khi cả nhóm xuống cống ngầm, họ thấy Steppenwolf đang tra khảo các con tin. Cyborg thấy bố mình sắp bị giết thì lập tức kích hoạt vũ khí trên cánh tay máy tấn công Steppenwolf và đám tay sai. Một cuộc chiến dữ dội diễn ra, Steppenwolf đánh tay đôi với Wonder Woman và hạ gục cô rất nhanh, Batman lao vào ứng cứu trên chiếc xe bọc thép Nightcrawler, nhưng Steppenwolf tấn công chiếc Nightcrawler khiến nó bị hỏng nặng và rơi xuống đáy. Khi thấy nhóm của Batman bắt đầu yếu thế, Steppenwolf ra lệnh cho bọn Parademon bay ra xử lý họ. Cyborg từ trên cao lao xuống kết nối với chiếc Nightcrawler và bắn tên lửa về phía Steppenwolf. Steppenwolf bắt được quả tên lửa và thả nó vào gờ tường khiến cả cống ngầm bị nước tràn vào, Aquaman lúc này xuất hiện lao vào chặn dòng nước giúp nhóm của Batman không bị cuốn trôi. Steppenwolf mở cổng thần kỳ tẩu thoát.

Thua trận trở về, Bruce nảy ra ý tưởng cho Victor kích hoạt hộp Mother Box thứ ba để hồi sinh Superman. Ban đầu Victor không đồng ý nhưng cả nhóm đang cần sự giúp đỡ của một người có sức mạnh kinh khủng như Superman. Tối hôm đó Victor và Barry đến Metropolis đào xác Superman lên và đem vào trong con tàu vũ trụ của người Krypton trước kia từng tạo ra quái vật Doomsday. Quá trình hồi sinh Superman thành công, nhưng anh ta không nhận thức được đâu là bạn, đâu là thù nên tấn công cả nhóm do Victor lỡ tay tấn công trước. Cả nhóm đánh nhau một lúc thì Batman bảo Alfred đưa Lois Lane đến nhằm cảm hóa Superman khi anh ta đang hóa điên. Superman nhận ra Lois và ôm cô bay đi, trong khi cả nhóm quên mất là hộp Mother Box thứ ba đã bị văng ra xa và chẳng ai canh giữ nên Steppenwolf đã đến và lấy nó đi dễ như ăn kẹo. Thời gian này Lois giúp Superman hồi phục trí nhớ để anh có thể tiếp tục làm siêu anh hùng như xưa, anh còn được hội ngộ người mẹ nuôi Martha Kent.

Bruce tận dụng sự kết nối của Victor với hộp Mother Box (do cơ thể của Victor được hộp Mother Box tạo ra nên ít nhiều cũng có mối liên quan qua lại) để tìm vị trí hiện tại của Steppenwolf, kết quả cho thấy hắn đang đóng quân tại một thị trấn gần khu vực Chernobyl thuộc nước Nga. Điều này được Victor phát hiện khi Steppenwolf cho hợp nhất cả ba hộp Mother Box. Cả nhóm lên chiếc máy bay Flying Fox đến nước Nga, khi đến nơi Batman lái chiếc xe Batmobile lao vào phá bức tường bảo vệ với mục đích mở đường cho những người còn lại có thể xông vào ngăn chặn Steppenwolf. Cả nhóm cùng nhau chiến đấu và vượt qua bọn Parademon cản đường để vào trong đối đầu với Steppenwolf.

Sau khi Steppenwolf lấy được ba hộp Mother Box, hắn hợp nhất chúng lại và thu hút sức mạnh từ chúng. Khi nhóm của Batman đến, Steppenwolf đã có đủ sức mạnh để đối đầu với họ. Aquaman và Wonder Woman tấn công Steppenwolf, còn Batman và Flash tiêu diệt bọn Parademon, trong khi Cyborg tách ba hộp Mother Box ra. Steppenwolf nhanh chóng đánh bại Aquaman và Wonder Woman, không những thế hắn còn tóm được Cyborg và xé anh ra thành hai mảnh. Trong lúc cả nhóm gần như tuyệt vọng thì Superman xuất hiện kịp thời, với sức mạnh tuyệt vời, Superman nhanh chóng hạ gục Steppenwolf và giúp Cyborg tách ba hộp Mother Box ra, chấm dứt sự hủy diệt.

Steppenwolf tỉnh lại tấn công cả nhóm lần nữa nhưng Superman đã thổi hơi đóng băng cây rìu của hắn, Wonder Woman lao đến chém vỡ cây rìu, Superman sau đó nói rằng Steppenwolf bắt đầu cảm thấy sợ để kích động bọn Parademon. Bọn Parademon nhận ra Steppenwolf đã mất dũng khí nên lao vào tấn công chính chủ nhân của chúng và kéo hắn bay lên cổng thần kỳ và biến mất, kết thúc ngày tháng huy hoàng của Steppenwolf từ đây.

Sau chiến thắng, tất cả siêu anh hùng trở về với cuộc sống riêng của họ. Bruce mua lại căn nhà ở Smallville cho Clark Kent xem như trả ơn anh. Victor nâng cấp bộ áo giáp máy với chữ C (tức Cyborg) trước ngực. Barry trở thành một siêu anh hùng thầm lặng có tài chạy nhanh nhất thế giới sau khi được Bruce giúp cho có công việc trong sở cảnh sát. Arthur quay lại Atlantis, báo hiệu cuộc đấu tranh ngôi vương của anh sắp bắt đầu. Wonder Woman tiếp tục truy bắt bọn tội phạm ở Luân Đôn. Clark quay lại làm nhà báo của tòa soạn Daily Planet và tiếp tục chiến đấu mang đến hi vọng cho mọi người qua hình tượng Superman. Vài ngày sau tại dinh thự Wayne bị bỏ hoang, Diana và Bruce đến xem xét và muốn đặt một cái bàn sáu người ngồi cho liên minh của họ (Liên minh Công lý). Diana còn đề nghị Bruce rằng họ sẽ cần nhiều ghế hơn nữa (ám chỉ sẽ đến ngày của Justice League Unlimited khi các thành viên ngày càng đông).

Phần cảnh hậu danh đề:

1. Flash hẹn gặp Superman tại một con đường nông thôn, cả hai có một cuộc đua đến bờ biển để xem ai nhanh hơn. Đây là chi tiết dựa theo bộ truyện tranh Superman vs Flash Special được phát hành vào năm 1976.
2. Tại nhà tù giam giữ Lex Luthor, người lính gác đi kiểm tra và nghe tiếng cười man dại trong buồng giam của Luthor. Khi anh ta đến gần thì phát hiện Luthor đã không còn trong buồng giam, thay vào đó là một tù nhân khác. Lúc này trên một con tàu, Luthor đang chờ đợi một vị khách mà hắn hẹn gặp, đó là Deathstroke, gã lính đánh thuê kiêm sát thủ nổi tiếng, vì Luthor đang lên kế hoạch thành lập một liên minh riêng (có thể là Legion of Doom hoặc Injustice League).